Клоны Наруто успешно прибывают во все ключевые места сражений, боевой дух армии поднялся, а преимущество в войне перешло к Альянсу. В это время клон Второго Цутикагэ Му призывает гроб, из которого выходит новый враг. Когда они обнаруживают себя, становится ясно, что на поле боя вышел истинный Мадара Утиха, который также был воскрешён, а человек в маске — самозванец.

Мадара Утиха начинает сражение с союзной армией синоби и с лёгкостью побеждает множество противников даже без использования ниндзюцу. Огненные техники Мадары имеют невиданную силу. После атаки клона Наруто Мадара создаёт Сусаноо. После совместной операции Ооноки и Гаары Мадара оказывается уязвим для атак, но поглощает Расэнсюрикэн Наруто при помощи риннэгана.

Девятихвостый Лис даёт клону Наруто силу, чтобы остановить технику Древесного Буйства Мадары. Пять Кагэ собираются воедино, и Ооноки объявляет, что готов сразиться с Мадарой за будущее мира синоби. Кагэ совместными усилиями противостоят Мадаре и приказывают Наруто победить ложного Мадару, в то время как они расправятся с настоящим. Наруто и Киллер Би в лесу наконец встречаются с Тоби и подвластными ему дзинтюрики.

Наруто и Киллер Би встречают Тоби и его Шесть Путей, которые представляют собой дзинтюрики. Наруто замечает среди них Утакату — дзинтюрики Шестихвостого, и понимает, что он мёртв. Утаката рассказывает, что после того, как они разошлись, на него напал Пэйн и убил его. Наруто и Би вступают в битву с дзинтюрики. Наруто спрашивает у Тоби, кто же он на самом деле и тот говорит, чтобы это узнать ему надо это заслужить.

Сражаться с дзинтюрики становится всё сложнее и сложнее: у них общее поле зрения из-за риннэгана и достать их оказывается очень сложной задачей. Постепенно воскрешённые дзинтюрики переходят в полную форму бидзю. Тоби почти удаётся достать Наруто, но Какаси Хатакэ и Майт Гай прибывают вовремя и спасают его.

Саскэ Утиха, испробовав на деле вечный мангэкё сяринган и убив Белого Дзэцу, сбегает из убежища. Суйгэцу и Дзюго направляются в бывшее убежище Оротимару. Дзинтюрики становятся всё сильнее, переходя один за другим в Режим бидзю. Из-за этого они начинают выходить из-под контроля Тоби, но продолжают атаковать. Наруто удаётся попасть в сознание Четырёххвостого. Познакомившись с Четырёххвостым Сон Гоку, Наруто собирается освободить его из-под контроля Тоби.

Девятихвостый вспоминает, как долго он шёл к тому, чтобы выбраться из Наруто.

Девятихвостый вспоминает, как еще перед прибытием на поле боя попытался объяснить Наруто, что всю ненависть, как и войну ему не остановить. В ответ Наруто отмахивается от Курамы, говоря, что для начала ему нужно покончить с войной.

Гэдо Мадзо поглощает Сон Гоку. Наруто и Курама объединяются и Удзумаки полностью перевоплощается в бидзю. Наруто находит все стержни, но бидзю создают огромную Бомбу Хвостатых, однако Наруто удаётся её отразить той же атакой. Добравшись до всех приёмников чакры, Наруто и Курама попадают в общее подсознание всех бидзю и их дзинтюрики.

Теперь остался только Тоби — все бидзю были снова помещены внутрь Гэдо Мадзо. Все отряды Альянса добивают врага — Белых Дзэцу и, спешат на помощь к Наруто и Би.

Карин прикидывается дурочкой, отвлекая внимание наблюдателей, чтобы сбежать. Саскэ встречает на своём пути нескольких Белых Дзэцу. Суйгэцу и Дзюго обнаруживают скрытую комнату в бывшем убежище Оротимару. Там они находят свиток, который, по словам Суйгэцу, может сильно повлиять на исход войны.

Пятеро Кагэ продолжают сражаться с Мадарой Утихой, который показывает новые техники древесного стиля. Так же в ходе битвы выясняется, что у Мадары есть пересаженные клетки Первого Хокагэ. Тем временем Саскэ Утиха, заметив воскрешённого Итати Утиху, начинает следовать за ним и затевает разговор.

Битва Кагэ против Мадары продолжается. Итати и Саскэ добираются до логова Кабуто. Итати намеревается заставить Кабуто остановить Эдо Тэнсэй, но тот говорит, что ему это не удастся — у этой техники нет слабых мест. И если убить Кабуто, то Эдо Тэнсэй не прервётся. Итати и Саскэ собираются начать сражение с Кабуто, чтобы захватить его и с помощью силы сярингана отменить Эдо Тэнсэй.

Кабуто защищает своё зрение, дабы избежать действия сяринганов братьев Утих, и начинает битву, направив в братьев множество змей. Итати и Саскэ уклоняются от змей, и используют свои Сусаноо для атаки. Кабуто хвалит Саскэ за то, что он собрал свою команду Змей, дабы использовать способности Суйгэцу, Карин и Дзюго, говоря что тот, кто сам не обладает способностями, может позаимствовать их у других.

Кабуто удивлён, что теперь Саскэ объединился с братом, несмотря на ненависть, которую он испытывал в прошлом. В попытке привлечь Саскэ на свою сторону, Кабуто утверждает, что у них одна цель: уничтожение Конохи, на что Саскэ отвечает, что их цели не одно и то же. Вспоминая своё прошлое, Кабуто отмечает, что он и Итати оба работали на Коноху, но взамен получили лишь позор и презрение.

Кабуто вспоминает свою первую встречу с Оротимару, когда однажды он и другие дети из приюта помогали раненым синоби. Оротимару сказал Кабуто, что у него есть потенциал стать превосходным синоби, однако последний сказал, что не заинтересован в этом. Той же ночью, Дандзо шантажирует Ноно шпионской миссией в Деревне, Скрытой в Скалах, а также говорит, что нужны дети в Корень АНБУ, взамен на финансирование приюта. Кабуто соглашается вступить в Корень, и после бо́льшую часть жизни проводит в путешествиях между Пятью великими странами, добывая информацию.

Продолжается битва братьев Утих против Кабуто, который демонстрирует умение управлять способностями Четвёрки Звука, а также истинной формой Оротимару. В результате нескольких атак, Итати удаётся поймать Кабуто в Идзанами, и тот оказывается заперт в вечной временной петле, в которой события, произошедшие в момент активации техники, повторяются снова и снова.

Итати Утиха использует Идзанами. Итати рассказывает что эта техника была создана, чтобы остановить Идзанаги, потому что частое использование последней чревато не только слепотой, но распрями внутри клана Утиха.

Кагэ сражаются против Мадары. Утиха начинает их теснить, но, воодушевлённые словами Ооноки, Кагэ встают и атакуют Мадару общей атакой. Гааре почти удаётся запечатать противника, но Мадара использует Абсолютное Сусаноо, и одним взмахом меча разрубает близстоящую гору.

На всех фронтах идут последние бои. Вдруг, воскрешённые Эдо Тэнсэй начинают превращаться в духов. Эдо Тэнсэй отменено. Мадара наносит последний удар, от которого отбивается Цунадэ, но тем не менее её техника Бякуго (сила сотни) развеивается. Дан Като просит Тёдзу Акимити убрать барьер, поскольку он может контролировать своё тело.

Суйгэцу показывает Саскэ свиток, который он нашёл в одном из убежищ Оротимару и говорит, что благодаря этому свитку можно поменять исход войны в пользу команды «Така». Саскэ же говорит, что помочь им может только один человек. Из Проклятой печати Анко с помощью техники «Зло: Высвобождение» Саскэ воскрешает Оротимару.

Какаси попытался переместить голову Гэдо Мадзо в другое измерение с помощью техники Камуи, надеясь тем самым прервать возрождение Дзюби, но Тоби остановил его, что удивило Хатакэ, ведь ещё никому не удавалось остановить перемещение. Это натолкнуло Какаси на мысль, что между его левым глазом и глазом Тоби есть связь. Позже, после совместной атаки Наруто, Какаси и Гая в левой части маски Тоби появилась трещина. Какаси удалось понять принцип работы Пространственно-временной техники Тоби.

Какаси нерешительно начинает сомневаться в личности Тоби. Увидев, как во всю сражается его ученик, Какаси готовится применить Камуи. Тоби обездвиживает Би и Гюки с помощью чакроприёмников. Наруто создаёт теневого клона. Оригинал запускает Бомбу Хвостатого. Тоби переносится в другое измерение, где его тут же атакует Расэнганом клон Наруто, отправленный туда с помощью Камуи Какаси. Вставка воспоминаний о прошлом.

Мадара упрекает Обито за спешку и преждевременное возрождение Десятихвостого, а также за своё воскрешение в Эдо Тэнсэй. Наруто атакует Мадару, но тот легко отражает все атаки с помощью своего веера, полученного от Обито. Мадара намеревается захватить

Обито в убежище Мадары набирается сил под присмотром двух клонов Дзэцу, один из которых очень напоминает будущий образ Тоби в маске. Услышав известие о том, что Какаси и Рин попали в окружение воинов АНБУ Скрытого Тумана, Обито покидает убежище Мадары с помощью клонов Дзэцу. Он находит Какаси в момент, когда тот пронзает сердце Рин своим Лезвием Молнии.

Обито размышляет о словах Мадары и Дзэцу и возвращается обратно к ним с намерением создать мир грёз. Мадара обучает его использованию статуи Гэдо Мадзо, а также раскрывает суть плана. Мадара освобождается от статуи Гэдо Мадзо и умирает. Обито под новым именем — Мадара Утиха — встречается с Нагато и его товарищами и предлагает действовать вместе согласно его плану. Но Яхико отвергает предложение «Мадары».

Юный Какаси расспрашивает Дзирайю о трёх сиротах Дождя. На деревню за границей Скрытого Дождя нападают синоби Деревни, Скрытой в Скалах, несмотря на ведение мирных переговоров с Конохой. Яхико со своими товарищами направляется в Ивагакурэ для проведения мирного договора, но по дороге на них нападают синоби Скрытых Скал.

Дандзо и Хандзо, не желая мириться с действиями организации, создают план по её ликвидации. Хандзо заключает «мирный» договор с Акацуки. Тем временем его люди похищают Конан. Ни о чём не подозревающие Нагато и Яхико отправляются на встречу с лидером Амэгакурэ.