Во вступлении, которое показывает события 52 серии, показано разрушенное убежище Оротимару, в котором нахоядтся Саскэ и Команда Какаси: Наруто, Сакура и её новый член — Сай. Наруто говорит с Саскэ о прошлом, о Долине Завершения, и понимает, что лучший друг уже не тот. Более того, Саскэ демонстрирует Удзумаки свои способности, заглянув во внутренний мир Наруто и увидев там Девятихвостого Лиса. Реальная же история сериала начинается с возвращения Наруто и Дзирайи в Коноху. Зрителям вновь представляют некоторых персонажей аниме, таких как Сакура, Конохамару, Сикамару, Тэмари и Какаси.

Цунадэ хочет посмотреть на прогресс Наруто после двух лет тренировок. Для их проверки Какаси ставит перед ними ту же цель, что и несколько лет назад — отобрать у него колокольчики.

Члены Акацуки Дэйдара и Сасори начинают атаку на Деревню Песка с целью похитить Кадзэкагэ Гаару. Дэйдара атакует с воздуха, используя созданных им взрывающихся глиняных животных.

Наруто и Сакура выполняют задание — отбирают колокольчики у Какаси. Гаара сражается с Дэйдарой.

Цунадэ объявляет о создании команды Какаси — теперь Наруто и Сакура не ученики, а равноправные с Какаси ниндзя. Дзирайя снова отправляется собирать информацию об Акацуки. Гаара отрывает левую руку врага, Дэйдара, в свою очередь, производит мощный взрыв в Деревне Песка.

Гаара создаёт огромный песчаный щит для защиты Деревни Песка от разрушений, Дэйдара пользуется моментом, чтобы атаковать Кадзэкагэ. Ослабленный Гаара попадает в руки Акацуки.

Канкуро преследует Дэйдару и Сасори. Деревня Песка отправляет в Коноху послание с просьбой о помощи.

Канкуро сражается с Сасори, который, как оказывается, и есть создатель кукол Карасу, Куроари и Сансё, которых в бою использует брат Гаары. Команда Какаси отправляется на помощь.

Команда преследования Деревни Песка находит Канкуро в пустыне без сознания. Команда Какаси по пути встречает Тэмари. Один из дзёнинов Деревни Песка, Баки, обращается за помощью к бабушке Сасори — Тиё и её брату Эбидзо.

На помощь Команде Какаси, которая в данный момент пережидает бурю в пустыне, в Деревню Песка отправляется Команда Гая: Рок Ли, Тэн-Тэн и Нэдзи. Члены Акацуки проводят ритуал над телом Гаары с целью извлечения живущего в нём монстра Сюкаку.

Команда Какаси прибывает в Деревню Песка. Сакура излечивает отравленного Канкуро. Какаси рассказывает о своём отце, получившем прозвище «Белый Клык Конохи». Вызванные им же собаки пытаются отыскать по запаху Дэйдару и Сасори.

Команда Какаси и Тиё отправляются в выслеженное собаками логово Акацуки. По дороге Тиё рассказывает о существовании девяти бидзю — легендарных хвостатых существ (к примеру, Девятихвостый бидзю в Наруто, Однохвостый бидзю в Гааре). Паккун (пёс Какаси) предупреждает Команду Гая; они также направляются к логову Акацуки, но на них нападает Кисамэ, член организации. На пути Команды Какаси встаёт Итати Утиха.

Битва между командой Гая и Кисамэ, командой Какаси и Итати.

Чтобы противостоять врагу, Гай открывает Шестые Врата. Нэдзи освобождает своих сокомандников от действия клонов Кисамэ. Наруто вспоминает урок Дзирайи о том, как противостоять гэндзюцу Итати Утихи.

Гай побеждает Кисамэ. Наруто вспоминает урок Дзирайи по усовершенствованию Расэнгана; он применяет гигантскую версию этой техники против Итати Утихи. Впоследствии выясняется, что побеждённые Кисамэ и Итати — это не настоящие члены Акацуки, а лишь их марионетки.

Тиё рассказывает о дзинтюрики — людях, внутри которых запечатаны бидзю; также она посылает письмо в Деревню Песка с сообщением, что Юра, ответственный ранее за безопасность Деревни, оказался предателем, и его тело было использовано членами Акацуки. Отряд Тэмари добирается до границ, которые по приказу Совета Деревни Песка они должны охранять.

Акацуки окончательно извлекают бидзю из тела Кадзэкагэ, Гаара умирает. Команды Гая и Какаси встречаются у входа в логово Акацуки.

Члены объединённой команды понимают, что преодолеть препятствие на входе в логово Акацуки они смогут, если одновременно снимут 5 наложенных печатей в радиусе 1 км. Благодаря рациям Гая это становится возможным.

Команда Какаси проникает внутрь Логова Акацуки, начинается битва. На Команду Гая, рассредоточенную для снятия печатей, нападают монстры, принявшие их облик и перенявшие их техники. Дэйдара уносит тело Гаары на созданной им птице, его преследуют Наруто и Какаси; для битвы с Сасори остаются Сакура и Тиё.

Тиё рассказывает, что Сасори, каким его видят окружающие, — это кукла Хируко, а сам Сасори — внутри неё. Сакура уничтожает Хируко.

Вернувшийся в Деревню Песка отряд Тэмари и Канкуро направляются к Логову Акацуки. Сакура и Тиё видят истинное лицо Сасори — оно ничуть не изменилось за 20 лет, что очень их удивляет. Сасори вызывает куклу, сделанную из Третьего Кадзэкагэ, чьё исчезновение до этого момента оставалось загадкой для всей Деревни Песка.

Для боя с Сасори Тиё также вызывает кукол, в своё время сделанных Сасори, похожих на его погибших родителей.

Кукла Сасори использует против Сакуры и Тиё ту же технику Железного Песка, что и Третий Кадзэкагэ, из которого она сделана.

В результате борьбы Сакуры и Сасори свод пещеры, в которой находится логово Акацуки, обрушивается. Мощный звук слышат все герои. В результате нового нападения Сасори в тело Сакуры попадает яд, она падает на землю; Сасори, думая что яд парализовал девушку, подпускает куклу Третьего Кадзэкагэ слишком близко к Сакуре, и она уничтожает марионетку.

Выясняется, что Сакура приняла противоядие, которое ранее сделала для Канкуро и которое действует только в течение 3-х минут после попадания в организм. Дэйдара производит мощную атаку преследующего его Какаси с помощью глиняных взрывающихся насекомых; цель Дэйдары — сразиться с Наруто один на один. Какаси, используя теневого клона, отражает атаку. Секрет молодого лица Сасори раскрывается — он сделал куклу из самого себя.

Сакура думает, что уничтожила Сасори, однако его состоящее из множества частей кукольное тело восстанавливается. Для продолжения борьбы Тиё призывает 10 кукол, Сасори в ответ — 100.

Сильно раненая Сакура и отравленная попавшим в её организм ядом Тиё из последних сил, используя куклы родителей Сасори, уничтожают врага. Перед смертью Сасори сообщает Сакуре о том, где через 10 дней должна была состояться его встреча со шпионом, подосланным к Оротимару, — на мосту Небес и Земли в Скрытой Деревне Травы.

Члены Команды Гая побеждают своих клонов-противников.

Какаси использует мангэкё сяринган против Дэйдары, который в результате атаки лишается второй руки. Наруто уничтожает птицу, на которой летел Дэйдара, в её клюве находят тело Гаары.

В Наруто снова просыпается Девятихвостый, чакра юноши принимает форму Лиса, образуя т. н. «покров Лиса». Для предотвращения опасного развития событий Какаси накладывает на Наруто печать, ранее переданную ему Дзирайей. К Наруто и Какаси поспевают Сакура и Тиё. Дэйдара сталкивается лицом к лицу с Командой Гая и взрывает себя; впоследствии оказывается, что это была лишь его копия-камикадзе.