97 лет назад, ядерный Армагеддон истребил землян, уничтожив цивилизацию. Единственными выжившими были 400 обитателей 12 международных космических станций, которые находились на орбите в то время. Три поколения родились в космосе. Оставшихся в живых в настоящее время насчитывается 4000, а ресурсы истощаются на их умирающем "Ковчеге". Среди сотни молодых изгнанников находятся Кларк, яркая дочь-подросток главного врача Ковчега; сорвиголова Финн; дуэт брата и сестры Беллами и Октавии, чей незаконный родственный статус всегда приводил их к пренебрежению правилами, прекраснодушный Джаспер и находчивый Монти. Технологически слепые в том, что происходит на планете под ними, лидеры Ковчега - овдовевшая мать Кларк, Эбби; канцлер Яха, а также его мрачный заместитель в руководстве, Кейн - сталкиваются с трудными решениями о жизни, смерти и дальнейшем существовании человеческой расы .

Обнаружив, что Джаспер всё еще может быть жив, Кларк, Беллами, Октавия, Финн и Монти выдвигаются на миссию для поисков своего друга и потрясены тем, что они находят. Между тем на Ковчеге, Эбби определяет как попасть на Землю, и привлекает Рейвена, чтобы подготовить спасательную капсулу.

В отчаянной попытке вылечить гнойные раны Джаспера, Кларк, Финн и Уэллс уходят на поиски антибиотика из морских водорослей. Беллами со своей командой отправляется на охоту за едой, а к ним присоединяется симпатичная 13-летняя Шарлотта, которая чувствует себя в безопасности под защитой Беллами. Появляется густой, кислотный туман, заставляя Кларк, Финна и Уэллса искать убежище внутри древнего фургона. Когда они попадают в ловушку, Кларк оказывается в конфронтации с Уэллсом из-за его предательства, приведшего к казни её отца.

После шокирующей смерти одного из своих, Кларк и Финн сближаются в попытке найти способ связи с Ковчегом. Беллами необходимо удерживать свою группу от контактов с другой, в то время как жизнь на Земле принимает безнадёжный ход. Между тем, Эбби рискует собой, чтобы дать Рейвену шанс спрятаться в спасательной капсуле, направляющейся к Земле.

Начавшийся было между Кларк и Финном роман находится под угрозой. Октавия получает удару в голову, а пробудившись обнаруживает Землянина, следящего за ней. На Ковчеге Эбби раскрывает план Кейна сократить население на корабле. Джаха и Эбби замечают сигнал на поверхности Земли и понимают, что по крайней мере некоторые из ста человек ещё живы.

Беллами приводит подростков на территорию землян в поисках Октавии. Рэйвен не в силах помочь группе, однако не может не замечать связь между Финном и Кларк. Тем временем флешбэки показывают детство Беллами и Октавии на "Ковчеге" и последние дни жизни отца Кларк.

Кларк и Рейвен вступают в контакт с "Ковчегом", Эбби делает отчаянный шаг и проводит Кларк через опасную процедуру для спасения раненного. Между тем на "Ковчеге" Эбби выгнали из Совета, бывшая канцлер Диана Сидней занимает её место. Джаха рассказывает Эбби, что даже если Земля пригодна для жизни, всем жителям "Ковчега" не хватит места на кораблях, которые можно к ней направить. Кейн начинает справляться со своей виной за совершение последнего решения.

Кларк и Беллами отправляются на миссию по поискам запасов к приближающейся зиме. Тем временем в лагере подростки случайно наедаются орехов с сильными галлюциногенными свойствами и теряют представление о реальности. Октавия пользуется этой возможностью и помогает сбежать другу, а ужасающее событие сближает Кларк и Беллами. На "Ковчеге" начальник охраны Шамуэй тайно предлагает одному из сотни аморальную сделку.

Кларк и Финн пытаются стать посредниками установления мира с землянами, но все рушится, когда Беллами, Джаспер и Рейвен показывают своё вооружение и готовность к битве. Октавия и Линкольн становятся ближе. На "Ковчеге" во время празднования Дня народного единства происходит взрыв, главная подозреваемая - Диана Сидней

Мерфи возвращается в лагерь, утверждая, что был в плену у землян и подвергался пыткам; Кларк и Беллами имеют разное мнение о том, как он вернулся. Октавия убегает, чтобы найти Линкольна, и возвращается с серьезным предупреждением для Сотни. Тем временем таинственный вирус поражает лагерь; для того, чтобы оттянуть время и дать людям успеть выздороветь, Джаспер и Рейвен совершают героический поступок. На "Ковчеге" происходит страшная трагедия.

После неприятного инцидента в лагере обнаруживается недостаток пищи; Кларк и Финн ведут группу на охоту и попадают в опасность. Из-за того, что жизнь Финна под угрозой, Кларк решает изменить правила игры. Тем временем, Рейвен делает Беллами предложение, от которого он не может отказаться. На "Ковчеге" всё ещё испытывающий чувство вины Кейн спасает выживших после трагедии, рискуя своей жизнью.

Кларк и Финн убегают от одной опасности, чтобы потом столкнуться лицом к лицу с новым врагом. Беллами геройствует ради спасения Джаспера. Рейвен встречается с новой опасностью, а Мерфи наконец добивается мести. Тем временем оставшиеся на "Ковчеге" стараются примириться с неизбежным.

Кларк умоляет Беллами, чтобы тот поступал правильно, ведь конфликт с землянами достиг критической точки. Беллами заставляет Октавию принять сложное решение. Рейвен и Джаспер стараются закончить работу в срок, а Финн совершает смелый шаг. Тем временем "Ковчег" прекращает своё существование, а Кларк и Монти обнаруживают себя в странном помещении.