Кларк говорит Джор-Элу, что он готов начать своё обучение, но Джор-Эл отсылает его назад в Метрополис, чтобы прежде он разорвал отношения с Лоис. Хлоя потрясена, когда Лоис внезапно появляется после отсутствия в течение многих недель, и у Лоис нет никаких воспоминаний после её бесследного исчезновения с кольцом Легиона. Исследуя крушение монорельсовой дороги, Лоис встречает Джона Корбена, новый репортёр в Дэйли Плэнет, который отрицательно относится к Красно-Синему Пятну. Хлоя просит Кларка использовать кольцо Легиона, чтобы возвратиться в прошлое и спасти Джимми, но он отказывается, вбивая первый клин в их дружбу. Тем временем, Оливер продолжает катиться вниз по наклонной, а Зод появляется в особняке Люторов.

После того, как Джона Корбена сбивает грузовик, он приходит в себя в заброшенном помещении в роли человека-машины с криптонитовым сердцем. Джон осознает, что теперь он обладает сверхчеловеческой силой и начинает мстить Красно-Синему Пятну, которого он воспринимает как безответственного виджиланте. Вопреки желанию Кларка, Лоис начинает расследование по поводу Красно-Синего Пятна, итогом чего становится то, что Корбен её похищает.

Зод и его солдаты выпускают вирус в воздух, который превращает людей в зомби. Единственный способ остановить это состоит в том, чтобы сделать противоядие из крови криптонца. После того, как Лоис заражена, Хлоя умоляет Кларка стать донором крови, чтобы остановить эпидемию, несмотря на то, что это при этом возрастает риск быть замеченным Зодом.

Тесс вынуждает Оливера приехать в «Куин Индастриз» на собрание директоров, чтобы провести его в непринужденной обстановке. Но все меняется, когда появляется Игрушечный мастер с бомбой и планом отомстить Оливеру. Тоймен требует, чтобы Оливер признался в убийстве Лекса, либо же он всё взорвет. Тем временем, Кларк проходит своё обучение и получает от Джор-Эла способность слышать мысли других людей.

Оливер отравлен и похищен женщиной по имени Рулетка (Виктория), которая говорит Оливеру, что он вовлечён в опасную игру и должен бороться за свою жизнь. После того, как Виктория обнаружена мёртвой, а Оливер арестован полицией, он обращается к Хлое за помощью. Тем временем, Лоис ругает Кларка за то, что тот не рассказал ей о попытке самоубийства Оливера.

Оливер пытается помочь молодой уличной проститутке Мие (Спиди) покончить с опасной жизнью, которую она ведёт, предлагая заняться её обучением, но у Мии другие планы. Лоис просит Кларка, чтобы тот помог ей на прослушивании на место телеведущего. Но оба потрясены, когда оказывается, что хотят нанять их обоих, как команду.

Джор-Эл загадочным образом появляется на ферме Кентов, где встречает Хлою, и узнает о том что у него есть сын и то что Криптон уничтожен. Зод, убеждённый в том, что Пятно и есть Джор-Эл, вербует Тесс для помощи в его поисках, чтобы заставить его раскрыть тайну своих способностей. Кларк понимает, что Джор-Эл жив и находится на Земле, и мчится на его поиски, чтобы найти его прежде, чем это сделает Зод.

Близнецы-супергерои Зен и Джейна появляются в Метрополисе, чтобы помочь Пятну бороться с преступностью, но всё заканчивается тем, что они мешают ему во время нескольких спасений, в итоге у Кларка появляются проблемы с офисом окружного прокурора. Кларк решает выступить перед людьми как Пятно, чтобы очистить своё имя.

Тесс похищает Лоис, чтобы узнать, где она находилась во время своего исчезновения. В воспоминаниях Лоис о будущем мы увидим Метрополис при правлении Зода. Кларк лишён способностей из-за красного солнца. Хлоя и Оливер создают группу сопротивления. После того, как Кларк узнает о событиях из будущего, он принимает важное решение, связанное с Зодом.

Прошлое Оливера настигает его в образе Тёмного лучника, когда-то — учителя Оливера, который теперь ищет пути мщения. Его целью становятся Лоис и Хлоя. Оливер противостоит Тёмному лучнику после того, как бывший наставник похищает Мию, также известную как Спиди, но доходит до крайностей, и Кларку приходится поспешить, чтобы уберечь его от ещё одной ужасной ошибки.

Человек по имени Сильвестр Пембертон выслеживает Хлою и говорит ей, что знает о её команде супергероев и нуждается в их помощи. Однако, прежде, чем объяснить, кто он такой, на него нападает, а затем и убивает персонаж по имени Айсикл. Расследование Кларка и Хлои приводит Кларка в бывший штаб Общества Справедливости Америки, где он встречается с Кентом Нельсоном (Доктором Фэйтом), Картером Холлом (Хокмэном) и Кортни (Старгёрл). Кортни умоляет Хокмэна и Доктора Фэйта помочь ей поймать убийцу, но они отказываются от возобновления их обязанностей в качестве супергероев. Кларк, Джон Джоунс, Зелёная стрела и Хлоя объединяются, чтобы помочь Обществу остановить Айсикла, прежде чем он убьёт иного члена группы. Тем временем, Лоис получает пакет от загадочного агентства под названием «Разгром», управляет которым Аманда Уоллер.

Кларк встречает Затанну на конвенции комиксов, она говорит ему, что её отец наложил заклятие на копию комикса «Ангел Воитель», и теперь он обладает магической силой. Мальчик по имени Стивен крадёт этот комикс и овладевает суперсилами, превращаясь в Ангела Воителя, и спасает Хлою от ужасного несчастного случая. Тем временем, Лоис начинает ревновать Кларка из-за его отношений с Затанной.

Это День Святого Валентина и в то время, как Кларк идет на свидание с Лоис, он неосознанно становится заражённым драгоценным криптонитом, который обладает волшебными свойствами. Кларк упоминает при Лоис, что ему жаль, что у них не было более традиционных отношений, таким образом Лоис покидает Дэйли Плэнет, переезжает к Кларку и начинает планировать их свадьбу. Все ещё не осознающий свою новую способность, Кларк также небрежно говорит Хлое, что он желает, чтобы она больше времени посвящала тому, что приглядывала за ним. Таким образом, зараженная Хлоя принимает его желание близко к сердцу и пытается убедить Лоис, в том, что та не сможет нести бремя подруги Кларка.

Бернард Чишом, доктор, который умер и был возвращен к жизни Кандорцами, и теперь они могут экспериментировать над ним, совершает побег и похищает несколько Кандорцев, чтобы доказать, что пришельцы вторглись на Землю. Бернард пытается заставить написать историю, в которой он выдвигает свои требования, но когда Лоис отказывается, он похищает и её. Чтобы спасти своих людей, Зод изображает из себя репортёра Daily Planet и раскрывает секретную лабораторию Бернарда. Кларк достигает лаборатории как раз вовремя, чтобы увидеть, что Зод подстрелен.

Кларк и Лоис, уезжают прочь из города в тихий романтический уголок, но их планам мешают, когда они сталкиваются с Хлоей и Оливером в гостинице. Неловкий момент прерван появлением Серебряной Банши, которая нацеливается на Кларка и Оливера. Тем временем, Тесс меряется силами с Зодом с удивительным результатом.

Тесс создает сложный обман с целью похитить Зелёную Стрелу и передать его Аманде Уоллер, которая рассказывает ему, что правительство нанимает его, чтобы тот служил своей стране. Однако, Зелёная Стрела спасается прежде, чем они смогут раскрыть его личность. После того, как Оливер посвящает Кларка и Хлою в происходящее, все трое приступают к расследованию, и Кларк удивлен, когда обнаруживает, что расследованием похищения Оливера также занимается и Джон Джонс. Кларк чувствует, что Джон утаивает от него информацию. Оливер и Кларк потрясены, когда Тесс открывает им, что Аманда присматривает за кем-то, кого называют «Наблюдательная башня». Уоллер угрожает убить Хлою, если Кларк не даст ей имена и местоположения остальной части Лиги Справедливости.

Зод продолжает изображать из себя «Пятно» и просит Лоис заняться расследованием относительно одной из секретных лабораторий Тесс. В лаборатории происходит взрыв, но Лоис спасена Джоном Корбеном, который являлся объектом многократных экспериментов. Исследуя взрыв, Кларк подвергается воздействию красного криптонита. И зараженный Кларк приводит Зода в Крепость. Тесс обращается к Хлое за помощью, и они посылают Корбена в Крепость, чтобы тот помешал Кларку раскрыть все его тайны.

Лоис, исследует досрочное освобождение из тюрьмы бывшего окружного прокурора Раймонда Сакса, но при встрече он угрожает ей оружием. Пятно спасает её, но это заснято на пленку курьером, который планирует продать фотографию Саксу. Лоис и Кларк пытаются помешать передаче фотографии и при этом сталкиваются с Максвеллом Лордом, богатым магнатом и сотрудником «ШахМат», который пытается установить личность Пятна, чтобы уничтожить его. Тем временем, Хлоя обнаруживает тайну Зода.

Тесс врывается в Сторожевую башню, активируя сложную систему безопасности, которую установила Хлоя, в конечном счёте запирая обеих женщин в ловушке. Хлоя понимает, что «Шах и Мат» загружают информацию о кандорианцах с сервера Сторожевой башни, что побуждает её к решительным действиям. Оливер противостоит Зоду, но все заканчивается выжженным символом «Z» на его груди. Кларк понимает, что Зод передал свои сверхспособности солдатам.

К великому удивлению Кларка, Марта Кент возвращается в Смолвиль в компании своего нового друга Перри Уайта. Лоис и Перри понимают, что они оба работают над одной и той же историей о Красной Королеве и решают объединиться, что в конечном счёте подвергает их серьёзной опасности. Хлоя помогает Кларку искать Книгу Рао, в которой, как они верят, содержится информация о том, как остановить Зода и его армию.

Зод выпускает свою армию, вынуждая Хлою обратиться за помощью к своим старым друзьям. Зод говорит Лоис, что он — Пятно и просит девушку украсть Книгу Рао у Кларка. В сомнениях, Лоис просит Кларка рассказать всё начистоту, но тот отказывается. Хлоя и Оливер пытаются восстановить системы Башни, но юноша внезапно исчезает. Тэсс пытается противостоять Зоду, но тот лишь вынуждает девушку бороться за свою жизнь. Наступает битва за Землю — между Кларком и Зодом.