Кларк возвращается в Смолвиль, перепрогамированный в Кал-Эла. Полный решимости исполнить своё предназначение, Кал-Эл летит к небу, чтобы украсть мощный кристалл с Криптона. Тем временем Лоис Лейн приезжает в город, чтобы расследовать убийство своей кузины Хлои. Также Лана возвращается из Парижа с новыми планами и новым бойфрендом. Джонатан находится в коме. Лайонел сталкивается с новой страшной жизнью в тюрьме.

Кларк и Лоис расследуют мнимое убийство Хлои, но их останавливает армейский офицер, Генерал Сэм Лейн - отец Лоис. Кларк узнает, что Сэм недавно общался с Лексом. Джейсон приезжает из Парижа и уверяет Лану в необходимости продолжения их отношений. Подозревая, что Хлоя все еще жива, Лайнел отправляет наемного убийцу с способностью преобразовывать свои конечности в металическое оружие, чтобы Хлоя не смогла дать показания против него.

Кларк встречает нового противника в лице стеснительной ученицы, которая обращается к пластическому хирургу, чтобы улучшить свою внешность и поднять свою популярность. Криптонит улучшает красоту, но это наносит ущерб тем кого она целует. Тем временем Джейсон и Лана продолжают скрывать их взаимоотношения от Кларка.

Кларк вступает в школьную футбольную команду и немедленно занимает позицию защитника после того, как предыдущий защитник провоцирует драку с новым тренером Джейсоном. Заинтересовавшиеся изменениями в поведении своего бывшего партнера по команде, Кларк и Лоис начинают расследование и узнают, что группа поддержки отравляет питьевую воду для команды криптонитом.

После кражи бумажника Джонатана, Кларк использует суперскорость, чтобы догнать вора. Однако похититель ускользает от Кларка со скоростью, превосходящей скорость Кларка. Барт, известный также по кличке Импульс, позже появляется на ферме и пытается поговорить с Кларком и убедить его оставить Смолвиль для того, чтобы жить в дороге использовать их суперсилу. Тем временем Лекс покупает бесценный заключенный в раму манускрипт с Криптоническими символами. Кларк узнаёт, что в карте спрятано что-то таинственное.

Кларк слышит мощный звенящий звук, который исходит из тюрьмы, где находится Лайонел. Когда он видит Лайонела, пытающего нанести удар Лексу с помощью пылающего камня, он пытается схватить камень, в результате чего Кларк и Лайонел меняются телами. Лайонел понимает, что его новое тело обладает суперсилой. Пойманный в ловушку за решёткой без своей силы, Кларк должен найти выход, чтобы заполучить своё тело и силу обратно.

Хлоя вовлечена в подпольный азартный клуб в школе со студентом Микеллом Миксэлпитэлеком и теряет все свои сбережения во время футбольного матча, после того как Микел использует свои силы для контроля всех игроков, включая Кларка. Когда Хлоя узнает секрет Микела, он похищает её и угрожает убить, если Кларк не проиграет игру. Лекс угрожает Микелу депортацией, если тот не использует свои силы в пользу Лекса.

После того как Лана прикасается к кровавому следу в книге 1600 года, она, Лоис и Хлоя становятся одержимы ведьмами, которые были сожжены заживо. Три ведьмы вернулись, чтобы добиться отмщения и найти мощные криптонические кристаллы, нанося вред и ущерб в городе. Кларк пытается остановить ведьм, но они лишают его силы и заставляют раскрыть место положение кристала, который он спрятал в пещере.

После того как Лекс обвинен в убийстве, Кларк намеревается доказать его невиновность. Клянясь, что он изменился, Лайонел предлагает Кларку проникнуть в суть преступления, но он требует кое-что взамен. Тем временем Лана встречает мать Джейсона и видит яркое воспоминание происшествия в Париже, подтверждающий своё подозрение, что она была там, когда у Ланы появилась татуировка.

Тайный эксперимент Лекса в ЛюторКорп принимает скверный оборот и опасный токсин попадает в Смолвиль. Те кто инфицированы токсином, включая Кларка, Лану, Лекса и Джейсона, воображают, что их самые страшные страхи становятся правдой и затем впадают в кому. Отчаявшись найти лекарство, Кларк предлагает немного своей крови Лексу.

Убедив всех в своем окончательном выздоровлении, Алисия выписывается из больницы БеллеРив и приезжает в Смолвиль, чтобы вновь разжечь былые отношения с Кларком. В начале, к разочарованию Алисии, Кларк видит в ней только человека, который знает его секрет. Тогда она решает получить от него больше и использует красный криптонит. «Плохой Кларк» появляется и мгновенно забирает Алисию в Лас-Вегас, чтобы жениться на ней.

На Лану и Джейсона нападает неизвестный, и они оказываются на волоске от смерти. Алисия является главным подозреваемым. Кларк сначала защищает свою новую девушку, но когда доказательства постепенно набираются, он начинает смотреть на Алисию по новому. В результате причинённой боли Кларком, Алисия раскрывает его силы перед Хлоей. Алисию убивают. Тем временем мать Джейсона возвращается в город с предложением для Лекса.

Чтобы заполучить Кларка в футбольную команду, Мет Ю отправляет их звёздного игрока Джефа для того чтобы тот показал Кларку, как они заинтересованы в нём. Один из игроков Мет Ю умирает при загадочных обстоятельствах, и Лоис арестована по обвинению в этом убийстве. Кларк узнаёт, что Джеф обладает суперсилой и использует её для парализации тех, кто встанет на его пути — включая Лоис. Тем временем Хлоя продолжает наблюдать за Кларком и узнает все больше его секретов.

Ведя машину, Лоис случайно сбивает собаку. Она приносит её на ферму, чтобы вылечить. Кларк узнает, что эта собака необычная после того, как щенок тянет за собой на цепи трактор. Кларк и Лоис узнают, что собака — это результат неудачного эксперимента ЛюторКорп, и использовалась для совершения преступлений. Тем временем Лана озадачена участием Джейсона в делах его мамы.

Узнав, что Джейсон и Лекс находятся в Китае в поисках таинственного кристалла, Кларк и Лана следует за ними в надежде найти его первыми. Кларк находит артефакт, который приведет их к кристаллу, но на его пути встаёт ведьма Изобел, которая собирается снова завладеть телом Ланы, чтобы забрать кристалл себе.

Младшая сестра Лоис, Люси, с которой они не виделись долгое время приезжает в город и очаровывает каждого с кем встречается. Тем не менее Кларк раскрывает темную сторону Люси, после того как замечает её ворующей деньги из бара. Он вынуждает рассказать правду о её неожиданном появлении в Смолвиле. Тем временем кристалл исчезает из комнаты Ланы и Джейсон обвиняет Лайонела в этом преступлении.

Взрыв криптонита разделяет Лекса на двое, и мы знакомимся с его дьявольской половиной. Он немедленно запирает Лекса в особняке и начинает своё буйство — пытается убить Кларка и Хлою в лаборатории, сражается с Лайонелом и угрожает закрыть Тэлон, если Лана не переедет к нему.

Хлоя поражена тем, что её номинировали на звание Королевы Школьного Бала. Она пытается уговорить Кларка и Лану пойти с ней на танцы. После того как её конкурентка Дон, попадает в автомобильную аварию в ущелье заполненное криптонитом, появляется дух Дон и начинает вселяться в тела, и изменяет их поведение. Лекс приготовил для всех специальный подарок — группа «Lifehouse» будет играть на танцах.

Кевин — парень который может влиять на людей так, что они теряют память. Он использует свои силы на Кларке, и тот полностью теряет память. Хлоя рассказывает Кларку о произошедшем, и учит его использовать свои силы в тайне от других. Путешествуя по страницам памяти, Кларк встречает Лану и влюбляется в неё вновь. Пользуясь ситуацией, Лекс убеждает Кларка показать ему, где спрятаны три камня.

Кларк и Лана находят брошенного ребенка на кукурузном поле и приносят его на ферму Кентов. За несколько дней новорожденный вырастает в 7 летнего ребенка. Кларк и Лана понимают, что он быстро стареет. Они начинают искать выход, прежде чем болезнь убьёт его. Тем временем Женивьева просит Лайонела убить Лану, иначе он окажется в тюрьме снова.

Школьный фотограф хочет сделать копию школы с помощью своих способностей заморозки и начинает похищать одноклассников, в том числе Хлою. Делает он это для того чтобы увековечить память о славных днях школы навсегда. Лекс и Лайонел похищены. Их пытает Джейсон в надежде найти кристалл. После того как Женивьева осознает, что кристалл у Ланы, она решает покончить с охотой на кристалл раз и навсегда.

Кларк начинает понимать зачем он был послан на землю после ночного кошмара о том, что нечто ужасное должно произойти в Смолвиле. Кларк приходит в пещеру, чтобы найти ответы у Джор-Эла. Его биологический отец говорит, что он должен соединить три кристалла немедленно, иначе произойдет катастрофа на планете и даже Кларк не сможет остановить это. Тем временем Лекс отбирает один из кристаллов у Лайонела. Понимая, что кристаллы связаны с Кларком, Хлоя пытается остановить Лекса от раскрытия правды.