Наруто пытается обратить на себя внимание окружающих, создавая хаос и беспорядки в своём посёлке. Один из преподавателей Академии ниндзя, Мидзуки, подговаривает его украсть секретный свиток со множеством тайных дзюцу, однако мальчик, поняв, в чём дело, одолевает его, но прежде узнаёт, что внутри него заключён Девятихвостый лис, когда-то разрушивший деревню.

Конохамару, внук Третьего Хокагэ, решает следовать за Наруто, чтобы обрести свободу и превзойти известность своего деда.

Сакура мечтает поцеловать Саскэ, но это делает первым Наруто. Наруто (худший ученик выпуска), Сакура и Саскэ (лучшие ученики выпуска) по итогам выпуска из Академии становятся членами одной команды — №7.

Трио героев знакомятся со своим сэнсэем, опытным джонином Какаси Хатакэ, после чего отправляются на первое задание, смысл которого попытаться отобрать у Копирующего ниндзя колокольчики.

Несмотря на то, что никто из них не справился с заданием, Какаси Хатакэ оценивает их взаимопомощь и становится полноценным руководителем.

После семи миссий уровня D, команде №7 доверяют защиту мостостроителя Тадзуны. Однако выясняется, что за ним охотятся множество ниндзя, и опасность миссии оказывается намного выше чем предполагалось. Какаси тем не менее решает продолжить задание.

Команда №7 вступает в бой с опасным преступником Дзабудзой Момоти, посланного судостроителем Гато, чтобы убить Тадзуну.

Продолжение боя.

Наруто вместе с Саскэ освобождают Какаси из Водяной Тюрьмы (техники Дзабудзы), и бой продолжается. Помощник злодея, Хаку, замаскировавшись под члена АНБУ, забирает тело Дзабудзы для излечения.

Команда №7 продолжает свою миссию по охране Тадзуны, и в то же время Какаси начинает обучать троицу умению ходить по деревьям без использования рук, таким образом тренируя их контролю чакры.

Команда №7 узнаёт историю Кайдзы, героя Страны Волн, казнённого по приказу Гато.

На строящемся мосту Какаси, Саскэ и Сакура начинают бой против Дзабудзы и Хаку.

Прихвостни Гато пытаются похитить родственников Тадзуны, однако их спасает Наруто. Хаку использует против Саскэ свой прирождённый дар — умение управлять льдом.

Наруто присоединяется к Саскэ в борьбе с Хаку.

Какаси продолжает свой бой с Дзабудзой.

В Наруто, считающем, что Саскэ погиб, пробуждается чакра Девятихвостого.

Хаку рассказывает Наруто о цели своего существования — помощь спасшему его от гибели Дзабудзе.

Хаку приносит себя в жертву ради спасения Дзабудзы от техники Какаси, Райкири.

Дзабудза, до глубины души тронутый гибелью Хаку, убивает по-настоящему ответственного за это, Гато, но гибнет сам. Оценив вклад в общую победу, жители селения решают назвать мост именем Наруто.

Третий Хокагэ объявляет о скором начале экзаменов на звание тюнина (следующая ступень ниндзя после гэнина).

Члены команды №7 встречают нескольких сильных противников, приехавших из других стран для участия в экзамене.

Перед началом экзамена эксцентричный Рок Ли бросает вызов Саскэ. Бой между ними останавливает сэнсэй первого, Майто Гай, извечный соперник Какаси.

Члены команды № 7 знакомится с другими участниками будущего экзамена, а также встречают старых друзей по выпуску в Академии ниндзя.

Каждый участник экзамена начинает письменный тест.

Наруто с волнением дожидается десятого вопроса, способного изменить все итоги экзамена. Даже не разгадав (в отличие от Саскэ) смысл экзамена, Наруто удаётся пройти дальше.

Ученики, которые прошли первое испытание, начинают готовиться ко второму.

Экзаменатор Анко объясняет правила второго испытания экзамена - захватить в Лесу Смерти свиток соперника и добраться до башни в середине леса.

На команду №7 нападает Оротимару.

Наруто и его товарищи продолжают бой с Оротимару в Лесу Смерти. Тот отбирает их свиток и сжигает.

Оротимару накладывает на Саскэ Проклятую печать. Анко Митараси, руководитель испытания, пытается остановить злодея, но тому удаётся скрыться.