В округе происходят перемены - Линдси переехала в Нью-Йорк, а полиция города находится под пристальным вниманием коррумпированности своего ведомства. Под пристальным вниманием городских властей команда пытается сорвать сделку с оружием, которая быстро становится опасной, когда в нее оказываются вовлечены невинные мирные жители и дети. Напряжение возрастает, когда шеф привлекает Денни Вудса для расследования перестрелки, и Халстед становится ключевой фигурой в исходе дела.

После взрыва фургона во время уличного фестиваля в Чикаго пропадает мусульманский патрульный Фрэнк Тома, и быстро накапливаются улики, указывающие на его причастность. Берджесс, которая помогала обучать Тому, отчаянно пытается доказать его невиновность, даже если это означает пойти против своего начальства.

Когда молодая латиноамериканка оказывается жестоко убита, разведка подозревает, что она могла работать в качестве наркокурьера. Расследование, которое ведет Антонио, приводит команду в мрачный мир мясопереработки, и выясняется, что за ее смертью может стоять другой мотив.

Расследуя убийство, связанное с наркотиками, разведка упирается в культуру района. А Этуотер обнаруживает личную связь с этим делом. Тем временем кодекс молчания полиции подвергается испытанию, когда Эптона спрашивают о грубой стычке Рузека с подозреваемым.

Когда разведка обнаруживает лабораторию по производству метамфетамина, которой руководит главарь банды Маршалл Картер, они раскрывают аферу с детьми, усыновленными из других стран, от которых отказываются, а затем продают их через Интернет. Тем временем Этуотер принимает трудное решение о том, стоит ли перевезти своих братьев и сестер Джордана и Винессу в более безопасную среду за пределами Чикаго.

Идеальная семья погибает в своем доме, и команда отправляется на поиски наркоторговца, который может быть связан с ней. Войт просит помощи у вице-сержанта Шона МакГрейди, у которого давняя неприязнь к Аптону. Когда во время расследования Макгрейди оказывается мертв, дело принимает неожиданный оборот.

После нескольких похищений детей, связанных с бандами, разведка должна наперегонки со временем найти похищенного мальчика. Благодаря своей оперативности и военной точности, команда изучает архивы ВА и выводит подозреваемых на бывшего армейского рейнджера. Имея опыт работы рейнджером, Холстед убеждает Войта послать его под прикрытием, чтобы попытаться получить информацию изнутри.

Один из друзей Войта, конгрессмен Скотт Грейнор, найден без сознания в своем гостиничном номере с мертвой украинской девушкой. Когда разведка выясняет, что убийство связано со спецоперацией, а парень Берджесс сотрудничает с федералами, Берджесс приходится выбирать: поставить под угрозу свое дело или дело своего парня.

Смерть дочери судьи Томми Уэллса выводит разведку на след фабрики по производству таблеток, распространившейся в пригородах Чикаго, и врача, способствующего этому. Тем временем Войт выясняет, кто сливает информацию из 21-го отдела.

Во время вечеринки с Камилой Халстед непреднамеренно оказывается в центре убийства, связанного с наркотиками. Ему приходится выбирать между верностью своему подразделению и своей девушке. Тем временем Войт наконец-то обнаруживает крота в своем подразделении.

Пытаясь найти сутенера, разведка натыкается на женский приют, где он подбирает себе девушек. И Берджесс продвигает дело вперед с помощью серии конфиденциальных советов, но рискует подвергнуть своего информатора опасности.

Когда Этуотер исчезает в доме осужденного преступника, улики выглядят не слишком обнадеживающе: остались его вещи и его кровь. Разведка объединяется, чтобы спасти его, пока не стало слишком поздно. А Этуотер борется за выживание, сталкиваясь не только со своим похитителем, но и с непростой связью со своим прошлым.

Когда банда из Сальвадора проникает в Чикаго, разведка вместе с приезжим детективом пытается положить конец ее жестокой тактике. Тем временем Антонио сближается с сальвадорским детективом Марселлой Гомес, а Войт узнает, что найдено тело убийцы его сына.

Когда звезду баскетбола находят убитым после митинга против полиции, разведка, ориентируясь на политическую обстановку, пытается выследить убийцу. Дело осложняется тем, что в него оказывается втянута дочь Вудса Брианна.

Разведка выслеживает мстителя, убивающего насильников. Расследование становится домом для Берджесс, которая начинает сомневаться, действительно ли мужчины, напавшие на ее сестру, поплатились за свои действия.

Разведка расследует серию взрывов, направленных на представителей СМИ. Команда наперегонки со временем обращается в пожарную часть № 51 с просьбой помочь изучить устройства и предотвратить следующую атаку. Кроссовер продолжается в сериале Chicago Fire S06E013 Hiding Not Seeking (II).

Когда убивают видного олдермена, известного своими усилиями по возрождению города, разведка начинает расследование коррупции, преследующей его район. Тем временем Олински чувствует давление, получив ультиматум от Вудса.

Аптон возвращает себе старую личность под прикрытием, чтобы помочь уничтожить метамфетаминовую группировку, возглавляемую бывшим криминальным авторитетом. А когда давление со стороны Вудса усиливается, Войт обращается за помощью к Олински.

Череда ограблений тайников приводит к маловероятному человеку. Войт сталкивается с ключевым свидетелем в расследовании дела Бингема.

После того как Войт становится свидетелем похищения молодой женщины, имеющей таинственную связь с его прошлым, разведка пытается найти связь между ее похищением и несколькими ограблениями банков. Рузек получает информацию о том, что созвано большое жюри, что делает Олински еще на шаг ближе к тому, чтобы предстать перед судом за убийство Бингема.

Халстед и Этуотер действуют под прикрытием, чтобы предотвратить появление на улицах оружия военного образца; Войт обращается за помощью, чтобы очистить имя Олински от подозрений в убийстве Бингема.

Разведка добивается справедливости для Олински после того, как его зарезали в тюрьме; верность Антонио подвергается испытанию; Вудс хочет раз и навсегда расправиться с Войтом. Финал сезона.