На планете Камино, где создаются и тренируются клоны, обучением руководит генерал Шаак Ти, при поддержке специально нанятых охотников за головами. Чтобы стать совершенными солдатами, кадеты проходят множество физических и психологических тренировок, прежде чем будут готовы отправиться на войну. Однако не все клоны одинаковы и в каждой партии случается брак, который ссылают в специальный отряд для обслуживающего персонала. Судьба пятерки не способных работать в команде, но упорных бойцов, висит на волоске и только от них зависит, смогут ли они стать солдатами или их ждёт более печальная участь.

Сокрушив республиканский аванпост, Гривус с Вентресс приступают к вынашиванию плана атаки на республиканские фабрики по созданию клонов. Тем временем, Энакину с Оби-Ваном удаётся перехватить закодированное послание генерала, благодаря которым они раскрывают коварный замысел неприятеля. Целью преступников становится уничтожение ДНК прототипа клонов, без которой дальнейшее производство солдатов окажется невозможным. Вчерашняя команда бойцов-клонов возвращается на планету, чтобы защитить родину от вторжения неприятеля, пусть даже ценой собственной жизни.

Неприятель начинает планомерное завоевание планеты Рилот, отрезав любую возможность подкрепления со стороны республиканцев. Несмотря на совместные усилия Чама Сендуллы и джедая Има-Ган Ди, сопротивление редеет на глазах под напором армии дроидов. В надежде склонить короля нейтральной планеты Катуунко к помощи сопротивлению Рилота и поставке им провизии, Совет поручает вести переговоры сенатору Органе и представителю Бинксу, в то время как Лотт Дод пытается уговорить правителя Тойдарии не отклоняться от своей нейтральной позиции. Чья же сторона одержит победу?

На этот раз в шатком положении оказывается Пантора, чей новый глава Папаноид, вовлекается в опасную политическую игру, когда стараниями Торговой Федерации система оказывается в блокаде и все торгово-рыночные отношения с ней приостанавливаются. Находясь в изоляции от остального мира, панториане начинают высказывать недовольство недостаточным участием Сената к их беде. Между тем Папаноид получает от графа заманчивое предложение о помощи при условии присоединения к его альянсу, в то время как неизвестные похищают дочерей Папаноида, что ухудшает и без того сложную ситуацию.

Отвоевав право на нейтралитет Мандалорской системы, Крайз обнаруживает, что оказалась сторонней наблюдательницей, неспособной обеспечить собственный народ всем необходимым. Ввоз продуктов осуществляется только на чёрный рынок, в результате чего Сатин приходится противостоять миру алчности и жадности. Надеясь хотя бы частично нейтрализовать волнения, нарастающие в столице планеты, герцогиня приглашает сенатора Амидалу, нанести дипломатический визит, когда вспышка странной болезни заставляет её сосредоточится на расследовании этого кажущегося странным случая.

Коррупция поглотила мирную планету Мандалор, и, в условиях тотального дефицита жителям системы приходится прибегать к услугам черного рынка. Отчаявшись спасти свой народ, Сатин просит Падме обратиться в совет джедаев за помощью в борьбе с вышедшей из под её контроля ситуацией. Чтобы разорвать порочный круг коррупции, Йода отправляет в Мандалор Асоку, которая начинает обучение детей лидеров. Её уроки побуждают кадетов провести собственное расследование, в ходе чего молодые лидеры обнаруживают заговор, участником которого оказывается приближённое к герцогине лицо.

Завершив миссию на Мандалоре джедай и его падаван возвращаются в столицу, однако Энакину вскоре приходится вновь отправиться на задание, в то время как оставшуюся на базе Асоку начинают мучить страшные видения о том, что один из злейших врагов Республики - Аурра Синг, всё ещё жива и замышляет недоброе. Когда же сны показывает Тано новую цель Аурры, падавану приходится сделать всё возможное, чтобы видения не сбылись, и близкий ей человек не оказался жертвой коварной охотницы за головами. Однако открытым остается вопрос - кто именно стал заказчиком этого злодеяния?

Пока совет всецело поглощён планированием новых военных действий, преступники бесконтрольно сеют страх и способствуют процветанию коррупции. Джабба Хатт даёт Бэйну новое задание, призванное нанести удар в самое сердце ненавистной ему Республики. Для реализации замысла Джаббы Кэд похищает приближенного к Амидале робота, чтобы после, благодаря извлеченной из его памяти информации, провернуть серьёзное дело по освобождению из республиканской тюрьмы весьма ценного пленника.

Совет поручает Кеноби найти и возвратить беглого Зиро Хатта, дав ему в подмогу джедая с сомнительной репутацией Квинлана Воса. Тем временем, прекрасно зная, что своему побегу он обязан компрометирующим сведениям на семьи Хаттов, Зиро замышляет сбежать и от них, воспользовавшись помощью давней возлюбленной. Однако на этот раз на поиски беглеца отправляются не только джедаи, но и вновь нанятый встревоженными членами семьей Бэйн. Кто же первым настигнет изворотливого беглеца?

Встревоженный бесконтрольными потерями клонов на поле боя, сенат собирается на внеочередное заседание, чтобы обсудить истинную цену войны. Вследствие того, что из-за нескончаемых военных действий Республика стоит на грани банкротства, на повестку дня выносится законопроект об открытии кредитных линий, который, по сути, отменит контроль за действиями Банковского Клана. Пользуясь отсрочкой голосования, Падме с Тано совершают попытку заключить с противоборствующей стороной соглашение о перемирии, в то время как Никс Кард при поддержке графа пытается не дать их планам осуществиться.

После подрыва столичной электростанции на Корусанте, начавшиеся было подвижки к заключению перемирия с сепаратистами рухнули, что заставило членов сената склониться к принятию билля о снятии контроля над банками и запустить создание новых клонов вместе с эскалацией боевых действий. Пытаясь образумить сенат, Амидала лишь провоцирует негодование других членов совета, в то время как канцлеру поступают новости о нападении республиканцев на людей Конфедерации и аннуляцию предложения о мирном соглашении. Но что повлияет на сенаторов сильней - слова Падме или кулаки неизвестных злоумышленников, нанятых Банковским Кланом для убеждения сенаторов в своей правоте?

В системе Салласт начинается новая, жесточайшая битва между республиканцами и сепаратистами, где от лица последних выступает Ассаж Вентресс. Успешно выполняя операции, Ассаж выходит на новый виток Силы, что не проходит мимо внимания Дарта Сидиуса, который видит в ней возможного противника и приказывает Тиранусу уничтожить его ученицу. Однако Вентресс не только переживает предательство, но и задумывает отомстить учителю, в то время как тот, видя в произошедшем на него покушении козни со стороны джедаев, встаёт перед необходимостью взять нового ученика.

Встревоженный своей уязвимостью, граф принимает предложение Матери Талзин предоставить ему воина-мужчину из племени Дарта Мола. Обрадованная тем, что Дуку клюнул на наживку, Ассаж ставит себе задачей найти и преобразить лучшего воина планеты, для чего устраивает смертельные состязания среди мужчин знаменитого племени, победитель которых, с помощью магии ведьм, превращается в беспощадную машину для убийств, послушную приказам своей повелительницы Вентресс.

Джедаи узнают о новой угрозе - таинственном воине неприятеля, недавно убившем джедая и его юного падавана на планете Деварон. Найти и обезвредить загадочного убийцу поручают Скайуокеру и Кеноби, в то время как граф начинает обучение Опресса основам тёмной силы. Вскоре Тиранус даёт ученику новое задание, но на этот раз тот не оправдывает доверия учителя, что даёт Ассаж шанс осуществить свой план мести. Однако в ходе нападения на графа обнаруживается неожиданная деталь, изменившая ход событий и сорвавшая план Вентресс.

Странный сигнал из неизвестной системы на окраине дальнего рубежа, содержащий древний джедайский сигнал бедствия, заставляет Йоду отправить Кеноби, Скайуокера и Тано на разведку. Однако прибыв на место перехвата сигнала, джедаи внезапно оказываются в странном месте, где узнают о причине своего здесь нахождения - оказывается, она кроется... в Энакине. Единственный, кто способен сохранить равновесие светлой и тёмной сил этой планеты, Скайуокер должен сделать непростой выбор, в то время как Оби-Ван получает предупреждение от человека из прошлого.

Джедаи пытаются покинуть странную планету, однако их планы рушатся, когда Сын, надеясь заручиться поддержкой Скауокера, захватывает в плен Асоку, впустив в неё Тёмную Силу. Видя бессилие слабеющего Отца, Кеноби пытается заручиться поддержкой Дочери, которая показывает Оби-Вану способ контролировать Сына. Энакину, между тем, предстоит сражение с собственным падаваном, в то время как Сын с Дочерью вступают в собственное противостояние, которое окончится не в пользу одного из них.

Застряв на планете из-за поломки корабля, Энакин решает ещё раз поговорить с Отцом по поводу возросшего влияния Сына, который, тем временем, продолжает переманивать Скайуокера на тёмную сторону с помощью видений о его будущем. В ответ на его попытки Отец, Асока и Кеноби делают всё, чтобы помешать тёмной стороне завладеть мужчиной, в то время как Сын завладевает единственным, что способно уровнять его силы в противостоянии Отцу. Битва между силами вспыхивает вновь, но кто же выйдет из неё победителем?

Перехватив возвращающегося с опасного задания на Дальнем Рубеже магистра-джедая Эвена Пиелла, неприятель берёт его в плен с целью завладеть ценной информацией о тайной линии связи в гиперпространстве. Чтобы спасти Пиелла, совет готовит секретную миссию по проникновению в самую неприступную тюрьму врага под названием "Цитадель". Входящий в группу спасения Энакин ввиду сложности миссии решает не рисковать своим падаваном, однако в планы Тано не входит упустить такую возможность развить свои навыки, которые приходятся как никогда кстати после того, как команды возникают непредвиденные трудности.

Выбраться из Цитадели оказывается не так просто, как предполагалось, там более, что для спасения джедаям пришлось разделиться. R2 вынужден посадить корабль в самом сердце тюрьмы, что даёт главе охраны, командиру Собеку, преимущество, однако нововведение робота помогает захваченным джедаям вновь оказаться на свободе. Тем временем пытающийся добраться до товарищей и корабля Энакин вступает в словесное противоборство с генералом Таркином, сомневающемся в эффективности методов джедаев относительно реалий войны.

Оставшись без летающего аппарата, джедаи запрашивают помощь Совета в эвакуации с планеты, однако, чтобы достичь места встречи с отправленными за ними крейсерами, спасательному отряду придётся сразится не только с роботами неприятеля, но и с неведомыми животными, выведенными специально для охраны Цитадели. В ходе нескончаемых сражений с пытающимися остановить их дроидами, Тано становится свидетелем трагедии, сделавшей её ценнейшим членом миссии, а также у Асоки появляется шанс изменить мнение генерала Таркина по поводу пригодности джедаев в битвах.

Расположенная на важном гипермаршруте планета Фелиция оказывается втянутой в войну. Когда генерал Гривус присылает подкрепление, джедаям для успешной атаки новоприбывших войск приходится разделиться, в ходе чего Тано оказывается схваченной традоншанами, ищущими добычу для будущей охоты на одном из принадлежащих им островов. Встретив на острове таких же, как она, падаванов, Асока пытается склонить новых знакомых к совместному противостоянию охотникам, в то время как Энакину приходится прислушаться к своим товарищам по оружию, решившим прекратить поиски девушки.

Пытаясь спастись от решительно настроенного прикончить убийцу своего сына традоншанина, Тано с товарищами по несчастью атакуют один из кораблей с пленниками и получают подмогу в лице неожиданного союзника. Сумев с его помощью настроить связь с ближайшей планетой, пленники вступают в открытый бой со злодеями, чтобы не только выбраться с ненавистного острова, но и, освободив всех оставшихся на кораблях негодяев пленников, покончить с варварскими методами охоты не ведающих сострадания ящеров.