Вскоре после возвращения на Землю ЗВ-1 узнаёт, что один из репликаторов со сбитого корабля выжил и попал на русскую подводную лодку. О’Нилл и Тил'к должны уничтожить там всех расплодившихся репликаторов, в то время как Картер направляется вместе с Тором на его родную планету, чтобы остановить управляемый репликаторами корабль, который летит к главной планете Азгардов.

В SGC поступил сигнал бедствия с другой планеты. Команда SG-1 отправились на помощь своим собратьям и очутились в хорошо укрепленном бункере. Обитатели бункера, оказавшись из-за многолетней войны на грани вымирания, предложили SG-1 свои технологии в обмен на помощь землян. Но чем больше SG-1 узнавали потенциальных союзников, тем больше рождалось сомнений, жертвы они или агрессоры?

Ученые Ток’ра предложили SG-1 испытать на себе устройства, созданные Атониексами, древней расой догоа’улдовских времен. Приборы во много раз увеличивали силу и ловкость их владельцев. Вооруженные новоиспеченным устройством, Джек, Дэниел, Саманта и Тил'к отправились на очередную миссию.

В SGC, пришла старая знакомая Тил'ка — женщина-джаффа, утверждающая, что, войдя в контакт со своим симбионтом, она уговорила его выступить против гоа’улдов и поделиться всеми технологиями лордов системы.

Один из членов SGC теряет над собой контроль и пытается убить членов совета Ток'ра. Выясняется, что это действие новой технологии гоа’улдов, под воздействием которой человек теперь запрограммирован на убийство. Каждый сотрудник комплекса, должен пройти специальную проверку.

Из-за «Звёздных Врат» Земля попала под действие временной аномалии и проживает одни и те же шесть часов снова и снова. О том, что происходит, знают только Джек и Тил'к. Они должны убедить в этом остальных и разорвать цепочку временной ловушки.

Открытие, сделанное на океанском дне, даёт возможность России получить доступ к технологии «Звёздных Врат»: соединение обнаруженных на затонувшем корабле Азгардов Врат с отобранным у немцев в 1945 наборным устройством позволяет создать полноценный комплекс врат. Однако вскоре русские военные обращаются к своим американским коллегам с просьбой о помощи для выяснения обстоятельств трагедии на секретной военной базе в Сибири. SG-1 и сопровождающая их доктор Светлана Маркова отправляются на базу, где они обнаруживают странную форму жизни.

Во время археологической экспедиции на планету, являющуюся, по всей видимости, прародиной гоа’улдов, Дэниел попадает в заключение к унасу и должен использовать все свои навыки, чтобы выжить. Пытаясь найти его, SG-1 сталкивается с неожиданными трудностями, обнаружив, что местные озёра буквально кишат живыми гоа’улдами в диком состоянии.

На следующем задании команда полковника О’Нилла попадает в центр конфликта между двумя цивилизациями, желающими колонизировать одну и ту же планету. Живущее там население на грани вымирания — огромный корабль занимается терраформингом, выжигая всю существующую на планете биосферу.

Память команды SG-1 стёрта. Они используются в качестве рабочей силы на подземном заводе ледяной планеты. Но на Тил'ка методы жителей планеты не действуют. Джек и остальные постепенно вспоминают прошлое.

На контакт с SGC выходит человек по имени Мартин Ллойд, который уверен, что он инопланетянин и помнит о своей жизни на других планетах. Он считает, что за ним следят всевозможные спецслужбы, также он знает о существовании «Звёздных Врат».

Полковник и Тил'к испытывают модернизированный гоа’улдский глайдер смерти на орбите Земли. Однако в его конструкции было не всё учтено. Поэтому потерявшие контроль над кораблём Тил'к и О’Нилл беспомощно зависли в космосе, ожидая помощи из SGC.

Из-за странной смерти своего учителя Дэниел возвращается к своему академическому прошлому. Впервые с момента своего привлечения в проект он встречается с бывшими друзьями и коллегами Сарой Гарднер и Стивеном Рейнером, но Дэниел должен довести до конца расследование гибели профессора. Обследовав артефакт под названием «каноп Исиды», с которым могли иметь дело египтологи, доктор Фрейзер обнаруживает в нём мёртвого симбионта-гоа’улда. Находка наталкивает Дэниела на мысль, что подобный симбионт мог освободиться из аналогичного «канопа Осириса». Все улики свидетельствуют против Стивена, но истина оказывается совершенно иначе.

Апофис и Херуур решают вступить в союз. Чтобы помешать этому союзу, Тил'к отправляется на родной Чулак в надежде убедить некоторых воинов-джафф восстать против гоа’улдов во имя свободы.

SGC должны принять новое командование после отставки генерала Хаммонда, за которой просматривается грязная политическая игра секретной правительственной организации NID, контролируемой заклятым противником SG-1 сенатором Кинси.

В альтернативной реальности в 2010 году, после установления дружественных связей с высокоразвитой инопланетной цивилизацией Ашен, человечество, ещё недавно разбившее при помощи новых «друзей» могущественных гоа’улдов и надеявшееся на светлое будущее, стоит на краю гибели. Численность людей неуклонно падает. SG-1 пытается послать записку в прошлое в надежде на то, что будущее Земли изменится.

Судьба вновь сводит Дэниэла Джексона и его приёмного сына, мальчика-Харсесиса Шифу, который преподает учёному урок, отправив его в спиритуальное путешествие, в котором он должен понять настоящую цену знаний гоа’улдов, так желаемых Землёй.

Очередным заданием SG-1 оказывается дворец наслаждений гоа’улдов, где содержится удивительно красивое устройство, чей свет завораживает и отнимает душу.

Саманта пытается рекрутировать умную, но очень своенравную студентку, проходя с ней через «Звёздные Врата», однако простая экскурсия принимает опасный оборот, когда на них нападают существа из чистой энергии.

Компьютер комплекса заражает вирус, проникший через «Врата». При попытке его уничтожения он переселяется в тело Саманты Картер.

Команда SG-1 вновь сталкивается с лордом системы Хроносом, который захватил планету, где когда-то было восстание против гоа’улда Херуура. Им приходится встретиться со своими двойниками-роботами.

Команда полковника О’Нилла направляются на планету Вораш. Сельмак и Саманта Картер разрабатывают план по переселению базы Ток'ра на другую планету. Полковник О’Нилл и Джейкоб (Ток'ра Сельмак) имеют небольшую беседу о разногласиях по использованию захваченного корабля гоа’улдов. В конце концов, они приступают к выполнению фантастического плана — взорвать звезду при помощи врат, связанных с чёрной дырой.