Сэнку и Тайку готовятся к признанию в чувствах, но внезапное свечение с неба превращает человечество в камень, и спустя 3700 лет друзья воссоединяются в мире без цивилизации.

Сэнку и Тайку создают «жидкость возрождения», но вынуждены пробудить Льва Цукасу — опасного бойца, провозгласившего себя очистителем человечества.

Цукаса начинает уничтожать окаменевших взрослых ради своей идеи «очищения», и Сэнку, спасая Юзуриху, вступает в первое противостояние с ним.

Бежав от Цукасы в Хаконе, Сэнку собирает ингредиенты для пороха и замечает сигнальный огонь — признак других выживших в каменном мире.

Цукаса захватывает Юзуриху в заложники, требуя рецепт жидкости возрождения, и, получив отказ Сэнку, убивает его, но друзья верят в его возвращение.

В воспоминаниях показаны первые шаги Сэнку после одиночного пробуждения, а в настоящем Тайку и Юзуриха пытаются воскресить убитого друга.

Сэнку встречает девушку-воительницу Кохаку и попадает в деревню, где сталкивается с местными стражами и самопровозглашённым гением магии Хромом.

Узнав о болезни жрицы Рури, Сэнку обещает создать сульфаниламидный препарат и начинает составлять план производства, сталкиваясь с нехваткой рабочих рук.

Сэнку привлекает жителей деревни «научной кухней», но появление шпиона Цукасы — Асагири Гена — ставит под угрозу создание лекарства и план по строительству электростанции.

Ген заключает шаткий союз с Сэнку, но после нападения на него и исчезновения во время лечения в деревне нарастает напряжение и недоверие.

Ген официально присоединяется к научному королевству, Кохаку готовится к турниру за право стать старейшиной, а Сэнку обещает Суике сделать очки и начинает производство стекла.

Для получения серной кислоты — ключевого компонента для лекарства — Сэнку и Хром в самодельных противогазах рискуют жизнью в отравленном лесу, преодолевая страх Гинро.

Сэнку организует подставной поединок с Гинро, чтобы получить саке — последний ингредиент для сульфаниламидов, но турнирная сетка приносит неожиданные результаты.

На деревенском турнире Кинро сталкивается с коварством Магмы и Мантла в первом же поединке, ставящем под угрозу план Сэнку по получению саке.

Хром одерживает победу над Магмой в полуфинале, Сэнку неожиданно становится чемпионом и получает саке, после чего команда успешно завершает создание сульфаниламидного препарата.

После излечения Рури Сэнку становится старейшиной деревни и узнаёт от неё «Сотню историй», раскрывающую, что основателем поселения был его отец — астронавт Бякуя.

В воспоминаниях Бякуя и его команда астронавтов возвращаются на охваченную окаменением Землю, чтобы найти причину катастрофы, и передают послание сквозь тысячелетия.

Ген предупреждает о приближении армии Цукасы, и внезапная атака элитного бойца Хёги ставит деревню Каменного Бога на грань уничтожения.

В битве с Хёгой и его отрядом Сэнку и союзники используют катаны, но поджог деревни Хомурой меняет ход сражения и вынуждает жителей бежать.

Чтобы получить преимущество в информационной войне, Сэнку начинает амбициозный проект по созданию мобильного телефона — самого мощного оружия современности — в условиях каменного мира.

Команда Сэнку строит гидроэлектростанцию и пытается создать вакуумные лампы для телефона, но сталкивается с проблемой поиска термостойких материалов и истощением сил.

После находки Суики команда получает вольфрам и отправляется в пещеру за новыми запасами, но недовольный Магма строит коварные планы против Сэнку.

С добытым вольфрамом Сэнку координирует финальный этап создания телефона: Хром отвечает за нагрев, Касеки — за вакуумные лампы, а вся деревня объединяется ради общей цели.

Завершив создание телефона, Сэнку находит послание от Бякуи, скрытое в «Сотне историй», и научное королевство готовится к решающей битве с империей Цукасы.