Наемные убийцы Синдиката преследуют Скалли с целью забрать у нее кассету с секретными файлами. В это время старый индеец-навахо возвращает жизнь спасенному им Малдеру с помощью индейского ритуала "Благословенный путь".

Расшифрованные данные с кассеты выводят Малдера и Скалли на след засекреченной операции "Скрепка", в ходе которой в США после Второй мировой войны были вывезены нацистские врачи-убийцы, проводившие бесчеловечные научные эксперименты над людьми. Агентам ФБР предстоит узнать ужасные цели, которую преследовало американское правительство, задумав эту операцию.

В городке Коннервилль, штат Оклахома, происходит череда загадочных смертей, вызванных поражением электрическим током. В ходе расследования Малдер и Скалли выходят на след молодого человека, обретшего способность управлять силой молний.

В Сент-Поле, штат Миннесота появляется серийный убийца, ведущий охоту на гадалок и экстрасенсов. Помощь Малдеру и Скалли в поимке жестокого преступника оказывает местный провидец Клайд Брукман - пожилой страховой агент.

Во флоридской тюрьме для смертников перед своей казнью на электрическом стуле заключенный Наполеон Мэнли обещает, что вскоре после его смерти пятеро человек по его последней воле погибнут. После того, как пророчество начинает исполняться, для расследования прибывают агенты Малдер и Скалли. От одного из заключенных они узнают о неком списке, содержащем имена всех тех, кто должен вскоре погибнуть.

В Кливленде, штат Огайо, обнаружен труп молодой женщины. Из ее тела словно кто-то выкачал все жировые ткани, превратив труп в бесформенную массу. Малдер и Скалли выясняют, что убийца ведет охоту на одиноких женщин, знакомясь с ними через интернет.

В госпитале для инвалидов войн в Форт-Иванстоне, штат Мэриленд, загадочный солдат-невидимка преследует армейских чиновников, превращая их жизнь в ад. Прибывшие для расследования Малдер и Скалли начинают подозревать в происходящем бывшего танкиста, лишившегося всех четырех конечностей во время войны в Ираке.

В Сиэттле, штат Вашингтон, маньяк-фотограф похищает пятнадцатилетнюю девушку Эми прямо из ее дома. Малдер и Скалли ведут поиски преступника и его жертвы с помощью другой девушки - Люси, которая семнадцать лет назад сама была жертвой того же маньяка и сумела спастись. Мистическим образом она связана с Эми и может чувствовать и видеть то же, что и похищенная.

В руки к Малдеру попадает видеозапись, на которой запечатлено вскрытие инопланетянина неизвестными людьми в белых халатах. Малдер и Скалли выясняют, что эти люди - японские ученые, которые во время Второй мировой войны ставили эксперименты на военнопленных. Помимо агентов ФБР за японцами охотятся люди из Синдиката.

Агент Малдер преследует японского ученого из специального отряда 731, сопровождающего засекреченный груз в пломбированном вагоне. В это время Скалли открывает ужасную правду об опытах над людьми, которые ставили японцы в заброшенном лепрозории в Западной Виргинии.

Малдер и Скалли расследуют дело о серии убийств, совершенных по всей территории США. Неизвестный убийца жестоко расправляется с проповедниками, у которых проявлялись стигматы - признаки особого божественного расположения. Агентам ФБР предстоит защитить мальчика из Лавлэнда, штат Огайо, который становится следующей целью преступника.

Волею судеб Малдер оказывается в охваченном паникой городке Миллерс-Гроув, штат Массачусетс, который подвергся нападению тараканов-убийц. Вместе со Скалли и очаровательной девушкой-энтомологом Малдер пытается установить источник происхождения смертоносных насекомых.

Малдер и Скалли приезжают в городок Комити, штат Нью-Гемпшир, расследовать серию убийств подростков, в которых местные жители обвиняют секту сатанистов. Однако, городской астролог приписывает убийства и странное поведение людей в городе редкому астрономическому явлению - параду планет. Под влияние космической энергии попали две девушки-подруги, которые распоряжаются разрушительной силой в личных целях.

В Вашингтоне ФБР арестовывает подозреваемого в серийных убийствах художника - выходца из Узбекистана Джона Мостау, который утверждает, что он одержим демоническим духом гаргульи. Несмотря на то, что подозреваемый задержан, убийства продолжаются. Ведущий дело агент Паттерсон обращается за помощью в "Секретные материалы", и Малдер вынужден с головой окунуться в чудовищный мир мыслей безумного художника.

В порт Сан-Диего приходит французское поисковое судно "Пайпер Мару", экипаж которого жестоко пострадал от невиданной лучевой болезни, после находки старого военного истребителя на дне Тихого океана. В поисках того, что стало причиной облучения моряков, Малдер летит в Гонконг, в то время, как Скалли ищет ответы у старого знакомого своего отца.

Малдер сопровождает арестованного им в Гонконге Алекса Крайчека обратно в США, не подозревая, что за зараженным "черным маслом" Крайчеком охотятся убийцы Синдиката. В то же время Скалли пытается найти того, кто стрелял в заместителя директора ФБР Уолтера Скиннера.

Агент Малдер вступает в противостояние с опасным преступником Робертом Моделлом, обладающим уникальным даром заставлять людей совершать самоубийства. Ситуация осложнена тем, что Моделл смертельно болен, и терять ему нечего.

Малдер и Скалли расследуют убийства сотрудников бостонского музея естественной истории, которые начали происходить после того, как археологическая экспедиция обнаружила в Эквадоре захоронение шаманки индейского племени секона.

В китайском квартале Сан-Франциско неизвестные люди в масках сжигают заживо китайцев в печах крематориев, предварительно вырезая жертвам внутренние органы. Отправленные на расследование агенты Малдер и Скалли обнаруживают, что в подполье чайнатауна проводится смертельная азартная игра.

Популярный писатель Джо Чанг решает написать книгу о похищениях инопланетянами. За консультациями он обращается к агентам "секретных материалов" Скалли и Малдеру, а за основу - одно крайне запутанное дело, все участники которого излагают свои собственные версии произошедшего.

Заместитель директора ФБР Уолтер Скиннер обвиняется в убийстве женщины. Малдер и Скалли разбираются в подозрительных обстоятельствах дела, чтобы снять с шефа подозрения. Между тем Скиннера преследуют видения в образе пугающей старухи.

Малдер и Скалли расследуют серию исчезновений и смертей на берегах лесного озера в штате Джорджия. По слухам в озере обитает древнее чудовище, которое местные жители прозвали Биг-Блу.

В городке Брэддок Хайтс, штат Мэриленд, происходит ряд убийств, совершенных обычными людьми в остром приступе паранойи, сопровождающимся иллюзорными изображениями реальности. Агент Малдер выясняет, что сознание людей контролируется с помощью какого-то прибора, устанавливаемого в сети кабельного телевидения.

После перестрелки в кафе города Арлингтон, штат Виргиния, человек по имени Джереми Смит одним прикосновением руки исцеляет смертельно раненых людей, после чего исчезает с места происшествия. Агент Малдер, чья мать пострадала от инсульта, ведет поиски Смита. Однако, охоту за таинственным чудотворцем ведут также люди Курильщика и Инопланетный Охотник.